De gangbare filtertypen zijn allemaal een valstrik voor de kleine garnaaljonkies. Ze worden door de grote filteropeningen gezogen. Standaard filters zijn daarom dan ook niet geschikt tenzij men de filteropeningen heeft beveiligd. Deze filters laten zich uitstekend beveiligen d.m.v. een ongekleurde dameskous. Immers een gekleurde kous kan afgeven waardoor de diertjes vergiftigd kunnen worden. Een beter passende filter is een met lucht aangedreven sponsfilter waardoor de kleine garnaaltjes niet in gevaar kunnen komen. Een groot voordeel van deze type filters is dat ze door hun eenvoudige bouw relatief goedkoop zijn. Nog effectiever zijn de zogenaamde Mattenfilters. Deze filters zijn ook goed bruikbaar in wat grotere aquariums en leveren door hun bijzondere techniek een zeer goede filterprestatie. De "Hamburger Mattenfilter" heeft een enorme biologische filterprestatie en een grote oppervlakte waar zich algen en andere micro-organismen bevinden. Dit vormt een ideale voedselbank voor de garnaaltjes. Ongeacht voor welke filtertype er gekozen wordt, is het van groot belang dat een voldoende lange aanlooptijd in acht wordt genomen voordat de garnaaltjes in de aquarium kunnen. Dit betekent vier tot zes weken een aquarium zonder garnaaltjes of visjes. Al het andere zoals licht en filter moeten in de tussentijd reeds actief zijn. De belangrijke bacteriën die noodzakelijk zijn voor een stabiele aquariumwater kunnen dan zich vermenigvuldigen.